Это определило последующее отношение царя Алексея к церковной власти.
Выбор царя пал на Никона, и этот выбор поддержал царский духовник Стефан Вонифатьев. Казанский митрополит Корнилий и находившиеся в столице ревнители благочестия, не посвященные в планы царя, подали челобитную с предложением избрать в патриархи Стефана Вонифатьева, наиболее влиятельного и авторитетного члена кружка. Реакции царя на челобитную не последовало, а Стефан уклонился от предложения и настойчиво рекомендовал своим единомышленникам кандидатуру Никона. Последний тоже был членом кружка. Поэтому ревнители благочестия в новой челобитной царю высказались за избрание в патриархи Никона, бывшего тогда новгородским митрополитом.
Никон (до пострижения в монахи — Никита Минов) обладал всеми нужными царю Алексею качествами. Он родился в 1605 г. в Нижегородском уезде в семье крестьянина. Богато одаренный от природы энергией, умом, прекрасной памятью и восприимчивостью, Никон рано, с помощью сельского священника, овладел грамотой, профессиональными знаниями служителя церкви и уже в 20 лет стал священником в своем селе. В 1635 г. он постригся в монахи в Соловецком монастыре, был назначен в 1643 г. игуменом Кожеозерского монастыря. В 1646 г. Никон по делам монастыря оказался в Москве, где и встретился с царем Алексеем. Он произвел самое благоприятное впечатление на царя и потому получил место архимандрита влиятельного столичного Новоспасского монастыря. Новоиспеченный архимандрит сблизился со Стефаном Вонифатьевым и другими столичными ревнителями благочестия, вошел в их кружок, неоднократно беседовал о вере и обрядах с иерусалимским патриархом Паисием (когда тот находился в Москве) и стал активным церковным деятелем. Перед царем он выступал чаще всего в качестве ходатая за бедных, обездоленных или невинно осужденных, и завоевал его расположение и доверие. Став в 1648 г. по рекомендации царя новгородским митрополитом, Никон проявил себя как решительный и энергичный владыка, и ревностный поборник благочестия. Царю Алексею Михайловичу импонировало и то, что Никон отошел от точки зрения провинциальных ревнителей благочестия на церковную реформу и стал сторонником плана преобразования церковной жизни России по греческому образцу.
Никон считал себя единственным реальным кандидатом в патриархи. Суть его далеко идущих планов сводилась к тому, чтобы ликвидировать зависимость церковной власти от светской, поставить ее в церковных делах выше царской власти и самому, став патриархом, занять, по меньшей мере, равное с царем положение в управлении Россией. Решительный шаг последовал 25 июля 1652 г., когда церковный собор уже избрал Никона патриархом и царь одобрил результаты выборов. В этот день в кремлевском Успенском соборе для посвящения новоизбранного в патриархи собрались царь, члены царской фамилии, боярская дума и участники церковного собора. Никон появился лишь после посылки к нему ряда делегаций от царя. Никон объявил, что не может принять сан патриарха. Свое согласие он дал только после «моления» царя и присутствовавших в соборе представителей светской и церковной власти. Этим «молением» они, и, прежде всего царь Алексей Михайлович, обязались слушаться Никона во всем, что он будет «возвещать» им о «догматах божиих и о правилах», слушаться его «яко начальника в пастыря и отца краснейшаго». Этот акт существенно поднял престиж нового патриарха.
Светская власть приняла условия Никона потому, что считала эту меру полезной для проведения церковной реформы, а самого патриарха – надежным сторонником плана реформы. Более того, ради решения первоочередных внешнеполитических задач (воссоединение с Украиной, война с Речью Посполитой), чему должна была содействовать церковная реформа, светская власть пошла на новые уступки. Царь отказался от вмешательства в действия патриарха, затрагивавшие церковно-обрядовую сферу. Он допустил также участие Никона в решении всех интересовавших патриарха внутриполитических и внешнеполитических дел, признал Никона своим другом, и стал именовать его великим государем, то есть, как бы пожаловал ему титул, который из прежних патриархов имел только Филарет Романов. В итоге возник тесный союз светской и церковной властей в форме «премудрой двоицы», то есть царя и патриарха. Патриарх Никон вскоре после своего избрания стал самовластным владыкой русской церкви. Он начал с устранения вмешательства в церковные дела своих прежних единомышленников по кружку ревнителей благочестия. Никон даже велел не допускать к себе протопопов Ивана Неронова, Аввакума, Даниила и других. Их жалобы не поддержали ни царь, ни Стефан Вонифатьев, ни Ф. М. Ртищев, которые уклонялись от вмешательства в действия патриарха. Уже в конце 1652 г. некоторые из настоятелей монастырей, чтобы угодить Никону, стали раболепно именовать его великим государем. Их примеру последовали архиереи. В 50-х годах XVII в. благодаря энергичной и решительной деятельности Никона был осуществлен комплекс мер, которые определили содержание и характер церковной реформы.