Безусловно, Молотов несёт ответственность за массовые репрессии 30—40-х гг. В архивах хранится множество списков осуждённых с личной визой Сталина и Молотова — «ВМН» («высшая мера наказания»). Он полностью поддерживал Сталина в отношении террора против тех, кого считал врагами народа. Свои убеждения Молотов пронёс через всю жизнь. Уже, будучи совсем стариком, давно отстранённым отдел, он говорил: «Поставьте у власти самых святых людей, и пусть бы они прошли так, одними разговорами мимо этих периодов, ничего бы у них не вышло, развалилось бы всё. Тут без жестоких мер против ярых врагов не обойтись, но попало и не врагам».
Возглавляя долгие годы Совнарком, а затем Министерство иностранных дел, Молотов руководствовался только указаниями Сталина, редко проявляя самостоятельность. Не поощрял он этого качества и в своих сотрудниках. В результате к началу войны на видных постах в МИДе оказались люди, совершенно неспособные самостоятельно мыслить. Молотов признавал это: «Опытных дипломатов у нас не было», все стали «только исполнителями определённых указаний». В вопросах международной политики МИД ориентировался не на серьёзный анализ событий, а на прямые рекомендации Сталина. Иногда тот спрашивал у Молотова совета, но решения всегда принимал сам и не любил, когда ему противоречили.
В августе 1939 г. был заключён договор о ненападении между Германией и Советским Союзом, известный как «пакт Молотова—Риббентропа», а также подписаны секретные протоколы о разграничении сфер влияния двух государств. К Советскому Союзу присоединялись территории, до революции в основном входившие в состав Российской империи. Но международная обстановка продолжала накаляться. Гитлер захватывал одно государство за другим, а в Москве всё ещё надеялись на нерушимость договоров с Германией. Но постепенно и здесь стали замечать поворот в политике Германии. И Сталин решился на беспрецедентный шаг: глава советского правительства Молотов отправился в Берлин для переговоров. Сведения он привёз неутешительные — на установление дружеских отношений надежд нет. Однако и вероятность скорого военного конфликта он отрицал. Таким образом Молотов дезориентировал Сталина и советских военачальников, что в большой степени стало причиной поражений советских войск в начале войны.
Именно Молотову было поручено, официально сообщить народу о начале Великой Отечественной войны. В полдень 22 июня 1941 г. состоялось его историческое выступление. Страна, затаив дыхание, слушала твёрдый, уверенный голос Молотова. В годы войны Вячеслав Михайлович отвечал за производство танков. Танковая промышленность сделала огромные успехи, а Молотов получил звание Героя Социалистического Труда.
Однако главной для него всё-таки оставалась внешнеполитическая деятельность. Он налаживал контакты с Англией и США, решал вопросы о военных поставках и о союзе против Германии. Участвовал во всех международных конференциях в период войны и в первые послевоенные годы. Помогал Сталину при подготовке и в ходе Тегеранской, Ялтинской и Потсдамской конференций. Молотов возглавлял советские делегации при создании Организации Объединённых Наций, на Парижской мирной конференции в 1946 г., сыграл большую роль в основании государства Израиль.
Самостоятельность главы МИДа, его авторитет на международной арене постоянно росли. Это не прошло мимо внимания Сталина; тот припомнил, что ещё в 1936 г. Молотов выражал сомнения в необходимости уничтожать «старых большевиков». Над Вячеславом Михайловичем сгущались тучи. Вскоре произошло нечто совершенно для него неожиданное в 1948 г. арестовали его жену Полину Жемчужину, человека исключительно преданного
Сталину. Позже Молотов так отзывался о своей жене: «Мне выпало большое счастье, что она была моей женой. И красивая, и умная, а главное — настоящий большевик, настоящий советский человек». Обвинений против неё практически не было.
Попал в опалу и сам Молотов, Сталин резко критиковал его на ХГХ съезде КПСС. Даже много лет спустя Молотов не мог понять причин такого отношения к себе: «И чего он на меня взъелся?». От неминуемой расправы его спасла смерть Сталина. Вскоре вышла из заключения и жена.