Именно во времена Генриха III Тауэр стал делиться на Внутренний и Внешний дворы. Внутренний, спроектированный еще Гэндальфом, заключал в себе древнейшие сооружения и был собственностью монарха, его твердыней, где он жил сам и держал в оковах своих врагов. Здесь он хранил казну и регалии, которые показывались народу только в дни коронаций, здесь находились его собственная часовня и частная плаха. В этот двор простому люду дорога была заказана.
Но зато ему принадлежал двор Внешний. Большей частью спланированный Генрихом III, он также имел несколько башен, а его территория, занимавшая пространство от стены до Темзы, состояла из переулков и укреплений, защищавших пристань. С пристани в Тауэр вели три лестницы — Королевская, Водяная и Галерная. По первой в укрепление поднимались короли и высокопоставленные лица, по двум вторым — государственные преступники.
При Генрихе III (1206—1272 годы) был созван первый английский парламент, что, впрочем, отнюдь не мешало королю править самостоятельно. Верховный судья Губерт де Бург публично осудил его за стремление к самовластью — и был брошен в Тауэр, однако затем выпущен. Как шутил один из членов тогдашнего парламента, король был не только хорошим зодчим, но и отнюдь не плохим тюремщиком. И Генрих это подтвердил еще как минимум один раз, когда в Тауэре оказался Вильям ле Мариш, обвиненный в покушении на короля. Ле Мариш был схвачен, закован в цепи и вскоре казнен. Белой башня стала называться при Генрихе III, который приказал ее побелить. Это была не просто прихоть. В башне был туалет ("гардероб"), устроенный весьма незамысловато: каменное сиденье с дыркой и наклонным желобом под ней, по которому фекалии стекали по стене наружу. Совершенно очевидно, что королевская стража запросто снизу могла созерцать короля- впрочем, нравы тогда были простые. Со временем (а к моменту воцарения Генриха Строителя башня уже простояла лет примерно 150) стены башни не только приобрели характерный цвет и запах, но и грозили возникновением заболеваний, поэтому побелка башни известью была просто необходима в целях дезинфекции. Кстати, отец Генриха III, Иоанн Безземельный, подолгу живший в крепости, умер именно от дизентерии- и не он один.
Сын Генриха Эдуард I объединил Англию и Уэльс. Но в процесс объединения вмешался французский король Филипп IV Красивый. Воюя с Англией за Гасконь, он решил приобрести союзника в лице шотландского короля Джона Балиоля. Балиоль было объявил Эдуарду войну, но в конце концов сдался без сопротивления и был препровожден в Тауэр. Средства на его содержание отпускались с учетом его положения: ему позволялось иметь лошадей и свору собак, в его распоряжении был целый штат слуг — свита, пажи, егеря, щитоносцы, портной, прачка, дворецкий, хлебопек и брадобрей. С него, собственно, и начался список царственных узников Тауэра.
Гораздо более кровавой была история шотландского повстанца Уильяма Уоллеса, развернувшего против англичан непримиримую войну. После поражения он был брошен в королевскую тюрьму и в 1305 году казнен с ужасающей жестокостью. А в результате остался в веках национальным героем Шотландии.
Властолюбие внука Эдуарда, молодого Ричарда II, привело к созданию оппозиции, во главе которой встали герцог Ланкастер и граф Норфолк. В итоге Ричард приговорил их к ссылке: Норфолка к пожизненной, а Ланкастера к шестилетней. Однако сам король был вскоре арестован и препровожден в Белый Тауэр, а в сентябре 1399-го парламент принял акт о его низложении.
Падение дома Плантагенетов повлекло за собой войну за английский престол между двумя семьями — Ланкастеров и Йорков, известную как война Алой и Белой розы. Победа в ней осталась за Белой розой. Генрих VI Ланкастер стал узником в собственном замке (он просидел в Тауэре 18 лет и умер при загадочных обстоятельствах).
Английскую корону надел Эдуард Йоркский, ставший Эдуардом IV, чему немало поспособствовал его младший брат Ричард Глостер.
В 1483 году король неожиданно умер, оставив после себя двух сыновей. Старший из них, Эдуард Уэльский, должен был наследовать корону, но до его совершеннолетия делами управлял регент —Ричард Глостер, дядя принцев. Между тем на заседании Королевского совета епископ Батский сделал сенсационное заявление: покойный король Эдуард был двоеженцем и, стало быть, сыновья его — бастарды. В итоге регентство Ричарда «завершилось» его коронацией, а племянников — 12-летнего Эдуарда и 8-летнего Ричарда — отправили в Белый Тауэр. Дальнейшая же их судьба покрыта мраком. По распространенной версии, Ричард III приказал задушить их, а трупы замуровать под лестницей. Через 200 лет в Тауэре были найдены скелеты двух юношей — и легенда обрела «плоть».