Администрация преследовала любые проявления самостоятельности или недовольства со стороны рядовых башкир и мишарей. Чиновники кантонного аппарата управления вместе с местными богачами выступали организаторами мирских сходов, выносивших решения о насильственном изгнании из деревень жителей, которые жаловались на своих начальников и не повиновались властям.
Введение новой системы управления привело к полной ликвидации остатков башкирского самоуправления. Были запрещены традиционные башкирские праздничные йыйыны (съезды), служившие единственным местом для неофициальных встреч представителей различных деревень. Генерал-губернаторы П. К. Эссен и П. П. Сухтелен рассматривали йыйыны, на которые съезжались по несколько тысяч башкир, мишарей, татар, тептярей, как недопустимые собрания многонационального населения края, не совместимые с регламентом военно-феодального режима. В соответствии с мнением Государственного Совета от 29 февраля 1828 г. о ликвидации в стране «всяких непозволительных и соблазнительных сборищ, под каким бы видом названием оные не существовали», губернское правление вынесло определение о запрещении йыйынов, о чем 17 ноября 1831 г. было сообщено кантонным начальникам626.
Власти при управлении краем широко использовали политику «разделяй и властвуй», натравливали и противопоставляли башкир, мишарей, татар, казахов друг на друга. С 1747 по 1846 гг. существовал запрет на брак башкир с казашками. Распоряжением Перовского с 1853 г. было отменено пребывание башкир в Казахстане для обучения детей грамоте и «для отправления богослужения»627. Все это подтверждает слова В. И. Ленина: «Политика угнетения национальностей есть политика разделения наций»628.
Введение кантонной системы управления означало для башкирского и мишарского населения полное подчинение военно-административному контролю феодально-крепостнического режима. Управление населением кантонов находилось в руках чиновников. К ним относились кантонные начальники, их помощники, юртовые старшины и их помощники, деревенские начальники, юртовые сотники и десятники. Вторую группу составляли лица, отвечающие за несение военной и «рабочей» службы и не имеющие постоянных должностей: походные старшины, дистаночные начальники, походные есаулы и сотники. Чиновники кантонного управления комплектовались из представителей башкирской и мишарской феодальной верхушки, которую царское правительство старалось привлечь на свою сторону. Кантонные начальники утверждались генерал-губернатором из числа нескольких кандидатов, подобранных губернской администрацией. Но местной феодальной верхушке путем подкупа и обмана представителей губернской администрации и выборщиков из кантонов зачастую удавалось превратить эту должность в наследственную. Так, в течение трех-четырех десятилетий кантонными начальниками были выходцы из семьи Биктимировых, Куватовых, Султановых и других.
До 1834 г. кантонные начальники непосредственно подчинялись генерал-губернатору, а позднее - командующему Башкиро-мещерякским войском. В круг их обязанностей входило обеспечение выполнения населением военных и других государственных и земских повинностей, а также наблюдение за продажей и сдачей в аренду башкирских земель. Таким образом, они имели довольно широкие полномочия по управлению населением кантона. Кроме того, кантонные начальники были наделены правом вмешиваться в хозяйственную жизнь населения. Указом от 10 апреля 1798 г. на них возлагалось «крепкое смотрение за подчиненными им людьми, дабы они прилежали к домостроительству, земледелию и всем прочим работам». Тех башкир и мишарей, которые «не радеют» в своем хозяйстве, они могли отправить «в работники хорошим хозяевам . до того времени, пока исправят свое поведение и найдутся сами хозяйствовать»629. Это «право» открывало кантонным начальникам возможности для произвола, насилий и эксплуатации трудового населения.
Хотя башкиры и мишари в судебном отношении находились в ведении земской полиции и гражданских судебных учреждений, кантонные начальники самостоятельно решали многие вопросы, касающиеся имущественных споров и воровства. По свидетельству генерал-майора Оренбургского казачьего войска И. В. Чернова, «земские исправники считались не более как номинальными начальниками, а действительная власть над народом сосредоточивалась у кантонных начальников. Они од-. ни направляли действия его и руководили им»630.