Последнее встретило наибольшие возражения, в особенности в среде священников, которых Вонифатьев пригласил в Москву из провинции. Они соглашались с тем, что духовенство нуждается в добром примере и наставлении, но не допускали даже мысли о том, что книги или обряды могут быть неправильными. Особенно их возмущали ссылки на авторитет греков и киевских ученых, поскольку те жили не в православных странах и были подвержены «латинской прелести». Одним из этих провинциальных священников был и протопоп Аввакум.
В 1652 году скончался патриарх Иосиф. Патриарший престол предложили занять Никону, который был тогда митрополитом Новгородским. Никон согласился , но выставил свои условия: епископы и царь должны во всем ему повиноваться. Никон искренне придерживался мнения, что священство выше царства, и считал, что Россия должна стать теократической монархией. Согласие было получено, Собор избрал Никона патриархом, и том немедленно приступил к реформам. Первым делом он постановил креститься только тремя перстами и разрешил для богослужения иконы только греческого письма. Одновременно началось широкомасштабное исправление богослужебных книг. Исправления носили явный западнорусский уклон: как раз в это время в Москве решили пойти навстречу Богдану Хмельницкому и стремились понравиться украинскому духовенству, которое подчинялось тогда не московскому, а константинопольскому патриарху. Уже в 1653 году появился исправленный вариант Псалтыри. Сделано это было вопреки мнению Собора и вызвало множество протестов. Никон спешил, возможно, надеясь поставить всех перед свершившимся фактом. Он не считал нужным убеждать недовольных. Оружием его было принуждение. Реформа была проведена, книги исправлены, но русское общество раскололось.
В мае 1654 года церковный собор единогласно поддержал все нововведения. Аргументов в их пользу было маловато, но в 1655 году иеромонох Арсений Суханов привез с Востока более пяти тысяч греческих книг – шаг, имевший огромное значение для всей русской культуры. В мае 1655 года не принявшие реформу Никона были отлучены от церкви. Борьба со старообрядцами велась не на жизнь, а на смерть.
4.3.Война с Польшей
Первые столкновения русской и польской армий произошли в начале июня 1654 года под Дорогобужем. Менее чем через месяц сам государь уже стоял под Смоленском и чуть ли не через день получал известия о сдаче подвластных полякам городов. Держался лишь Смоленск, его гарнизон сдался только 23 сентября. К осени русские войска добились значительных успехов, но тут пришли тревожные новости из столицы – там свирепствовала моровая язва, которую посчитали карой за церковные нововведения. Самого Никона в Москве не было, по указу царя он уехал из города. Москвичи восприняли это как предательство. Никона обвиняли в том, что он бросил православных умирать без покаяния и причастия. Волнения не разгорелись лишь потому, что власти всеми силами поддерживали жесткий карантин. И все же к концу октября, кода эпидемия отступила, во многих городах вымерло больше половина жителей.
Русские войска продолжали продвигаться в глубь Белоруссии, но уже безуспешно. Казаки Хмельницкого показали себя не самыми лучшими союзниками, предпочитая действовать по своему усмотрению и в своих интересах. Их медлительность позволила полякам организовать сопротивление и перетянуть на свою сторону некоторых русских воевод польского происхождения. Тогда же на стороне Польши выступил крымский хан. В начале 1655 года объединенная польско-татарское войско отбросило русские полки под командованием боярина Шереметева и казаков Хмельницкого. Позже России снова стала сопутствовать удача: в июле 1655 года русские войска успешно наступали в Литве, овладев Вильно (Вильнюсом) и Ковно (Каунасом), и к сентябрю под их контролем была практически вся Литва и Белоруссия. Начались переговоры. Алексей Михайлович уже называл себя «всея Великая и Малыя и Белыя России самодержцем, литовским, волынским и подольским», а патриарх Никон советовал ему добиваться Кракова и Варшавы.