Неожиданным подарком судьбы для авантюриста стала внезапная смерть Бориса Годунова. 20 мая 1605 года Лжедмитрий торжественно короновался в Москве под именем Дмитрия Ивановича. Любопытно, что Мария Нагая признала в нем своего погибшего сына. 1 июня 1605 года Москва присягнула самозванцу, обосновавшемуся в Кремле. Однако вскоре надежды на «доброго и справедливого» царя рухнули. На русский престол сел польский ставленник. Чужеземцы, наводнившие Москву, вели себя, как в завоеванном городе. Лжедмитрий вызывал недовольство московских подданных несоблюдением старинных обычаев и обрядов, прошли слухи о его католичестве. Самозванец не удержал и доверие поляков: не отдал им окраины России и не обратил русских в католичество. К весне 1606 года Лжедмитрий остался без поддержки. В Москве вспыхнуло восстание, в ходе которого самозванец был свергнут и убит. Но все же, причины самозванства не были ликвидированы. На очередном Земском соборе русским царем был избран один из родовитых аристократов князь Василий Шуйский, но он не только не сумел прекратить гражданскую войну, но ввергнул страну в еще больший хаос.
Недовольные политикой Шуйского, казаки, дворяне, крестьяне объединились вокруг Ивана Болотникова. Таким образом, разрозненные крестьянские восстания летом 1606 года переросли в крестьянскую войну под предводительством И. Болотникова. Причиной этого восстания стала попытка Василия Шуйского восстановить уплату налогов, которые отменил Лжедмитрий I.
В августе Болотников нанес, ряд поражений царским воеводам, а в октябре дворянские отряды Пашкова победили их недалеко от Коломны. Вскоре под Москву подошел и сам Болотников. Его войско расположилось в селе Коломенском. Восстание охватило десятки городов. В тот момент, поздней осенью и зимой 1606 г., окончательно произошло размежевание разнородных классовых сил в стане восставших. В конце концов, дворянские отряды перешли на сторону царя, а войско Болотникова стало более народным.
Восставшие в Путивле крестьяне и холопы во главе с Болотниковым пошли на Москву. К ним примкнуло дворянство южных уездов под предводительством Г.Сумбулова и П.Ляпунова. К восставшим присоединилось население южных и юго-западных областей России, а также Нижнего и Среднего Поволжья. Одержав несколько побед над царскими войсками, Болотников, взяв Калугу и Каширу, остановился в Коломенском. Однако под Москвой произошло разделение войск. В декабре 1606 г. в решающем сражении царские войска разбили Болотникова, который укрылся в Калуге и успешно оборонял ее. Весной 1607 г. восставшим удалось снять осаду с города и уйти в Тулу, где Болотников объединился с предводителем других повстанцев Илейкой Муромцем. Летом повстанцы вновь потерпели поражение и укрылись в Туле. Четыре месяца длилась осада. Наконец перекрыл реку и город оказался затопленным. Осажденным пообещали сохранить жизнь и свободу, после чего они сдались. Однако в отношении Болотникова слово нарушили: он был сначала ослеплен, а затем утоплен.
При осаде Москвы Болотников потерпел поражение и отошел к Калуге. Терские и донские казаки помогли восставшим отступить к Туле. После четырехмесячной осады Шуйскому обманом удалось склонить Болотникова к капитуляции. Он обещал сохранить жизни восставшим, если они прекратят сопротивление. Однако боярское правительство не сдержало свое обещание - над участниками крестьянско-дворянской смуты была учинена жестокая расправа. Причиной неудачи этого восстания стало отсутствие четкой программы и дисциплины в войске.
Восстание продолжалось больше года и в центральных районах к нему присоединилось много крестьян, недовольных своей жизнью и боярами. Так, впервые, пожалуй, в истории России крестьяне вышли на политическую сцену.
Летом 1607 года объявился в городе Стародубе новый самозванец, выдававший себя за царевича Дмитрия. Современники строили немало догадок о его происхождении. В «Барнулабовской летописи» белорусский летописец наиболее достоверно называет его Богданкой, учителем детей у попа в Шклове. Именно он, по мнению летописца, стал новым ставленником польских интервентов.