Большую роль в управлении государством в рассматриваемый период играли Земские соборы. Они начали созываться с середины XVI века, наиболее регулярно действовали в первой половине XVII века, а последние Земские соборы состоялись в 1648 - 1649 годах, 1651 и 1653 годах. Какого- либо специального закона относительно Земских соборов принято не было. На практике в них входили Боярская дума, высшее духовенство («Освященный собор») и выборные представители дворянства и городов. О том, как происходил созыв Земского собора, свидетельствует «приговор» одного из них (1613 год), в котором говорится о приглашении духовенства, бояр, дворян, гостей, посадских людей « изо всех городов всего великого Российского царства… к Москве, для земского совета и для государственного опиранья, лучших и разумных людей».
Организация выборов в Земские соборы, нормы представительств от различных сословий, их численный состав были неопределенными. Дворяне составляли обычно большую часть собора. Большое представительство по сравнению с посадом других городов имели высшие торгово-ремесленные круги Москвы. Общее число депутатов-горожан иногда достигало 20%. Созыв объявлялся специальной царской грамотой, которая в какой-то мере определяла и порядок проведения выборов. Вопросы, подлежавшие обсуждению на Земском соборе, подготавливались царем и Боярской думой. Как правило, они относились к таким важным сторонам государственной жизни, как внешняя политика, финансы, законодательство.
Каждая сословная часть Земского собора обсуждала поставленные вопросы отдельно и выносила свое суждение. Решения же должны были приниматься всем составом Собора. Решения Земского собора оформлялись принятием специального соборного документа, «приговора». Ни созыв, ни решения Земских соборов формально не были обязательны для царя. Но реально он не мог не считаться с мнением дворянских и богатых посадских кругов, так как успешность его политики зависела от их поддержки. Таким образом, Земские соборы в какой-то мере ограничивали власть царя, но в то же время они ее укрепляли.
В области управления правительство шло по пути бюрократической централизации. Органами центрального отраслевого управления были приказы. Система приказов продолжала развиваться и усложняться. Приказное управление уже во второй половине XVI века охватило почти все отрасли государственного управления. Число приказов значительно увеличилось, выросли штаты, более четко определились компетенция, порядок делопроизводства. Существовало до 80 приказов, но постоянных существовало вдвое меньше, остальные возникали по мере надобности. Между приказами отсутствовало четкое распределение функций. Приказы, с одной стороны, полностью подчинялись царю и Боярской думе, с другой - оказывали влияние на органы местного управления.
Дворянская чиновная бюрократия, общегосударственный аппарат управления, становившийся весьма громоздким, начинали играть все более важную роль в политической жизни страны. Важнейшими приказами общегосударственного значения были следующие: Посольский приказ, ведавший сношениями с иностранными государствами; Поместный приказ, ведавший поместными и вотчинными землями; Разрядный приказ, или Разряд, заведовавший военным делом и назначением командного состава; Холопий приказ ведал регистрацией холопов; Разбойный приказ ведал важнейшими уголовными делами по всему государству; приказы Большой казны и Большого прихода ведали государственным хозяйством и финансами. Важнейшими территориальными приказами были, кроме Малороссийского, Сибирский приказ и дворцы Казанский, Новгородский, Тверской.
В связи с созданием стрелецкого войска был образован Стрелецкий приказ. С появлением специализированных постоянных военных частей возникли Пушкарский, Рейтарский приказы. Московская полицейская служба и суд по важнейшим уголовным делам находилась в руках Земского приказа. Он выполнял и другие функции - ведал переписями дворов, собирал подати с посадского населения Москвы. Ряду приказов было поручено управление отдельными местностями Российского государства (Нижегородский, Владимирский, Галицкий и другие приказы). Они занимались также сбором налогов и судом. Важную роль играли финансовые приказы. Приказ большого прихода ведал таможенными пошлинами, откупами, торговыми сборами. Прямые налоги с городского населения, занятого торговлей и ремеслом, собирал Приказ Большой казны. Имелись приказы с довольно узкой специальной компетенцией - Приказ книгопечатного дела, Аптекарский приказ и другие. Приказы создавались по мере надобности, иногда без точного определения их компетенции, порядка организации и деятельности. Это порождало волокиту, дублирование, бюрократизм. В них процветали казнокрадство, взяточничество. Попытки установить государственный контроль над их деятельностью больших результатов не давали.