В 1928 году в монастыре осталось 150 насельниц. К концу этого года артель была расформирована и многие монахини сосланы. Игуменью переселили в Алабино с двумя соратницами. 25 мая 1931 года матушка Афанасия и послушница Дуня были арестованы. Во время допроса матушка Афанасия держалась стойко. Это подтверждает ее заключительная фраза в протоколе допроса: "Во время пребывания моего в монастыре я крепко была предана Богу и так же предана в настоящее время и готова за Бога и Христа жизнь положить. Больше показать ничего не могу". Постановлением Тройки ОГПУ МО от 10 июня 1931 года по статье 58-10 УК РСФСР (антисоветская агитация) Афанасия Лепешкина и Евдокия Бучинева были осуждены на заключение в исправительно-трудовой лагерь сроком на 5 лет, с заменой высылкой в Казахстан на тот же срок. В ссылку направлялись этапом. Произошло это в первый день праздника Троицы. По прибытии в Казахстан матушка Афанасия умерла. На следующий день умерла Дуня. Похоронили их в одной могиле.
13 декабря 1993 года Лепешкина Александра Васильевна и Бучинева Евдокия Тимофеевна были реабилитированы. В 2000 г. обеих внесли в список новомучеников Наро-Фоминского благочиния и прославили на юбилейном Архиерейском соборе.
В 30-е годы были репрессированы и монастырские священники отец Михаил и отец Димитрий.
На территории монастыря разместился инвалидный дом и клуб "Смычка". Погибли книги, иконы, колокола, разорено монастырское хозяйство. Были разрушены до основания Святые ворота с храмом иконы "Божьей матери Одигитрии". В колокольне устроили водонапорную башню. Главный собор обители – Троицкий превратили в клуб. Мощи старца Зосимы были вынесены из собора и перезахоронены на монастырском кладбище, "которое во времена размещения в монастыре пионерского лагеря превратили в место отдыха". В 1941-1943 гг. в храме находился госпиталь.
С 1968 по 1998 гг. на территории монастыря разместился пионерский лагерь "Бекасово" Управления Московского метрополитена.
В 1998 г. исполнилось 230 лет со дня рождения Зосимы Верховского. С этого года началось возрождение обители.
В ноябре 1999 г. здесь открывают подворье Новодевичьего монастыря. Настоятельницей подворья Московского Богородице-Смоленского Новодевичьего монастыря была назначена монахиня Елена, в миру Конькова Татьяна Александровна.
6 ноября 1999 г., в день памяти схимонаха Зосимы, благочинный монастырей преосвященный Тихон совершил здесь первую Божественную литургию. С этого дня при содействии администрации района началось возрождение обители.
7 марта 2000 г. Священный Синод Русской православной церкви постановил: "Открыть Троице-Одигитриевскую Зосимову пустынь,
преобразовав ее из ныне существующего подворья и назначить настоятельницей монахиню Елену (Конькову) с возложением наперсного креста – по должности".
Сейчас в монастыре полным ходом идут реставрационные работы в Троицком соборе, храме Рождества Иоанна Предтечи, восстанавливается колокольня.
Игуменья Новодевичьего монастыря матушка Серафима (Чичагова), побывав в Зосимовой пустыне, отметила: "Хорошее, несмотря на многие утраты, состояние основных построек и доброжелательное отношение, и помощь со стороны местных властей".
В 2000 г. произошла канонизация отца Зосимы как местночтимого святого угодника. Его мощи торжественно были перезахоронены в Троицком соборе.
В 2003 г. обитель вновь обрела голос. 26 января над Троице – Одигитриевской обителью поплыл колокольный звон. Впервые за восемь десятков лет.
В XIX в. в Зосимову пустынь охотно приезжали паломники: поклониться местным святыням, помолиться у чудодейственной иконы, испить воды из святого колодца. Сегодня монастырь возрождается, восстанавливается его историко-архитектурный комплекс и хочется надеяться, что в скором времени паломники вновь будут приезжать поклониться святым местам.
Кроме монастырей в начале XX в. в Верейском уезде было основано православное общежитие при церкви Дмитрия Солунского.