В 1681 году, из Думы выделилась еще одна составная часть — Расправная палата в составе 15 членов. Она рассматривала апелляции на дела, уже решавшиеся в приказах или местных учреждениях. Расправная палата действовала при Федоре Алексеевиче, Софье и, возобновив работу сразу после свержения царевны в 1689 году, просуществовала до 1694 года она являлась постоянной комиссией Думы, имела законодательно закрепленные функции, процедуру решения дел и постоянное присутствие из думных людей во главе с председательствующим. В ней, кроме думных, были и простые дьяки, которые действовали постоянно и с подьячими составляли своеобразную канцелярию для делопроизводства.[4]
Перестройку государственного управления Петр I начал с того, что в 1701 году передал функции Думы новосозданному административному органу «ближней канцелярии», которая стала координировать работу важнейших госорганов. «Ближняя канцелярия» - орган государственного контроля: сюда все приказы обязаны были доставлять еженедельные и ежегодные ведомости о своих доходах и расходах, об управляемых ими людях и зданиях и т.п. Канцелярия по отчетам приказов составляла сводные приходо-расходные ведомости. Лица, назначенные монархом в канцелярию, назывались министрами, а их совет — консилией министров. Указом от 7 октября 1707 года царь подчеркивал особую роль и ответственность членов совета, велено было оставлять под рассмотренным делом подписи, «ибо сим всякого дурость явлена будет». Дума постепенно оттеснялась из управления, не созывалась и перестала существовать.
Так как Петр Великий был сторонником абсолютной, неограниченной верховной власти, что предопределило новую структуру государственного управления. Структура государственного управления представлена в Приложении №1.
В 1711 году было создано постоянно действующее высшее правительственное учреждение — Правительствующий Сенат, по образцу подобного же учреждение, существовавшего в Швеции. Изучая государственные учреждения в Швеции, Петр Великий остановился именно на сенате; это учреждение с некоторыми изменениями, приноровленными к быту русской жизни, должно было, по его мнению, найти удобную почву и в системе нашего управление. Посредством такого учреждение, основанного на чисто коллегиальном начале, он думал достичь: во-первых, единства во всем управлении и во-вторых, положить конец всем злоупотреблениям должностных лиц.
О компетенции Сената можно судить по двум Указам Петра, принятым 2 марта 1711 года: «О полномочиях Правительствующего Сената», где царь угрожал ослушникам смертной казнью, призывая подчиняться указам Сената «как нам самому под жестоким наказанием или и смертию, по вине смотря», а также Указ «О функциях Правительствующего Сената».
На Сенат был возложен: высший надзор в делах суда, финансов и администрации; главнейшей его обязанностью было сделано наблюдение за точным и единообразным исполнением закона. Впоследствии, путем самой практики, круг ведомства сената расширился до чрезвычайных размеров. Можно сказать, не было отрасли в государственном управлении, куда бы ни простирались власть и деятельность сената. Ему подчинялись все учреждение и лица в государстве: духовные и светские, военные и гражданские, высшие и низшие. Ему принадлежала власть административная, судебная и отчасти даже законодательная; одним словом, Петр Великий, благодаря в особенности тому, что ему часто приходилось отлучаться из государства, а с другой стороны желая, чтобы вследствие этого в государственном управлении не было никаких остановок, снабдил сенат такой властью, какой не имело ни одно учреждение ни до, ни после него. По отношению к законодательной функции Сенат был по истине чем-то своеобразным и исключительным. Он не только имел право составлять проекты и вносить их на утверждение государя, но даже сам, своей собственной властью, мог издавать законы во время отсутствия государя; конечно, право это было временно и обусловливалось тогдашними исключительными обстоятельствами; при том же Сенат в своей законодательной деятельности являлся ответственным пред монархом. Что касается участия Сената в законодательной деятельности носителя верховной власти, проявлявшегося в составлении и обсуждении законов, то подобное участие принадлежало Сенату постоянно при жизни Петра, было явлением вполне нормальным и не обусловливалось никакими исключительными обстоятельствами. Если компетенция Сената простиралась на все вообще государственное управление, то его судебное значение уже и при Петре I определилось в наибольшей степени. Сенат явился как первой инстанцией по наиболее важным делам, так и высшей апелляционной инстанцией по делам обыкновенным. Однако, по крайней мере в первое время, решение сената не были окончательными, так как допускались жалобы еще и самому императору, но уже с 1718 года жалобы на решения Сената были запрещены под страхом смертной казни на том основании, что «тот вышний Сенат от его царского величества высокоповеренным есть и в особах честных и знатных состоит, которым не токмо челобитчиковы дела, но и правление государства поверено есть».